Batista telah disokong oleh pakatan "Demokratik Sosialis" termasuk Julio Antonio Mella iaitu dari Parti Komunis, beliau dikalahkan Grau dalam pilihan raya presiden yang pertama di bawah perlembagaan Cuba yang baru pada pilihan raya 1940 dan berkhidmat tempoh empat tahun sebagai Presiden Cuba, beliau merupakan orang bukan kulit putih Cuba yabg pertama di pejabat itu.[15][16] Walaupun Batista disokong seccara kapitalisme dan dikagumi Amerika Syarikat, beliau telah disahkan oleh Parti Komunis lama Cuba yang pada masa itu mempunyai sedikit kepentingan dan ada peluang untuk memenangi pilihan raya.[17] Sokongan ini adalah disebabkan oleh undang-undang buruh Batista dan sokongan beliau untuk kesatuan sekerja di mana pihak komunis mempunyai hubungan rapat.[18] Malah, Komunis menyerang pembangkang anti-Batista, berkata Grau dan lain-lain adalah "fasis" dan "reaksioner."[19] Selama tempoh ini di pejabat, Batista dijalankan pembaharuan sosial yang utama[20] dan menubuhkan banyak peraturan ekonomi dan dasar-dasar pro-kesatuan.[21]

Cuba memasuki Perang Dunia Kedua di sebelah pihak Berikat pada 8 Disember 1941, mengisytiharkan perang ke atas Jepun selepas sehari serangan ke atas Pearl Harbor. Pada 11 Disember, kerajaan Batista mengisytiharkan perang ke atas Jerman dan Itali. Pada bulan Disember 1942, selepas mengadakan lawatan muhibbah ke Washington, Batista berkata Amerika Latin akan memuji keputusan yang dibuat oleh Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu untuk berperang dengan Francisco Franco dari Sepanyol, yang digelar rejim fasis.[22][23]